Theo nhà văn Bùi Công Dụng thì “Thuyền độc mộc” là tiểu thuyết viết về “một trường đại học tư thục đầu tiên ra đời trong bối cảnh mà các khái niệm về tôn chỉ, mục đích, lợi nhuận, phi lợi nhuận… lại không được song hành cùng những cơ chế chính sách giáo dục hiện hành của nhà nước”, đã phản ánh được “mâu thuẫn giữa những nhà giáo có tâm huyết với những kẻ mua bán, tranh giành nhằm hưởng lợi từ những ưu tiên vật chất” để rồi con thuyền giáo dục “vượt qua những sóng gió để hoàn thành mục tiêu tốt đẹp của mình”.